какая разница между вентиляторами в обыкновенных кухонных вытяжках и канальными вентиляторами?
- конструктивная. Разные конструктивно рабочие колеса
- по аэрохарактеристикам. У канальных вентиляторов напорные возможности выше.
- в основном из-за конструктива встроеные вентиляторы чаще более шумные чем канальные
Минимально где-то так 
что лучше-купить ......
Палка о двух концах..... Если встроеный вентилятор к качеству фильтрации от жиров отнесется более скептически, выдержит издевательства над собой , то для канального желательно чтобы фильтр менялся периодически исходя из его загрязненности. Иначе жир налипая на крыльчатку вызывает неплохой дисбаланс и вибрацию вентилятора.
В любом случае для меня лучше вынесенный канальный вентилятор, а если есть возможность поставить его на самом хвосте - это самый идеал.