Брусок в шип сделать размером чуть меньше, чем паз, а при его вбивании в сруб, брусок лучше обмотать паклей - тогда он плотнее ляжет, но, в то же время, даст возможность свободному ходу. На нижний (опорный) венец стелют кусок рубероида, чтобы стекающий со стекол конденсат не затронул бревно сруба (легче поменять раму, чем бревно). Оконные и дверные коробки вставляют в проемы (не вынимая рамы и двери) строго по отвесу, фиксируют их клиньями к срубу, а затем, сняв с коробок двери и окна, приколачивают. Дверную коробку прибивают и снизу. Сверху оставляют зазор 5-7 см. Вертикальные щели заделывают монтажной пеной, предварительно установив распорки на коробку. Верхний горизонтальный зазор - паклюют, для удобства, к одной из сторон зазора прибивают (не основательно) доску, а после паклевки ее снимают.
На мой взгляд, лучше вначале провести потолочно-половые работа, а уже потом вставлять двери-окна. Во-первых ,будет еще у дома время дать усадку, а во-вторых, через оконные проемы в дом удобнее подавать строй материал, не повредив рамы.
С уважением,