Сделана перепланировка арендатором

Имеем: нежилое помещение в котором сделана незаконная перепланировка арендатором, есть предписание от инспектора.

Кто должен оплачивать штраф и ликвидировать перепланировку: собственник или арендатор?

Собственник про действия арендатора ни сном ни духом, арендатор говорит, что "так и было".

Кто крайний теперь?

В соответствии с договором между собственником и арендатором.

В договоре не описана перепланировка.

В акте приема-передачи помещения должны были отмечать состояние помещения. + должен был составлятся план передаваемого в аренду помещения, на котором можно увидеть состояние помещения. Если незаконно сделана перепланировка, то на плане ее не должно быть. Это и будет доказательством того, что помещение изначально передано без незаконных перепланировок.

Статья 622 ГК РФ Возврат арендованного имущества арендодателю
"При прекращении договора аренды арендатор обязан вернуть арендодателю имущество в том состоянии, в котором он его получил, с учетом нормального износа или в состоянии, обусловленном договором....." В договоре ведь у Вас не было перепланировки.Договор был зарегистрирован? В таком случае к нему должна была прикладываться экспликация.