Выкинуть, однозначно.
И для дерева рекомендую взять автомобильную шпатлёвку. Они бывают трёх видов - грубая (со стекловолокном), средняя (универсальная), и мелкая. Вот именно универсальная и подойдёт. Она имеет, как правило, жёлтый цвет, который довольно неплохо смотриться на большинстве пород древесин. Минус - нужно приловчиться смешивать её с отвердителем. Плюс - быстрое, безусадочное высыхание.
Если уж совсем жалко выбрасывать, что посмотрите на какой основе сделана шпатлёвка. Скорее всего на водной.