Я бы настаивал на замене поврежденных уплотнителей (Космофеном ремонтируют ПВХ, а не резину), устранении царапин силами фирмы, очистке уплотнителей перед установкой стеклопакетов. Декоративную накладку на петле можно и самому защелкнуть, если она правильно заведена под створку, но можно и настоять, чтобы оконщики установили её нормально.
Имхо, все эти косяки были допущены именно из-за того, что окна устанавливались на лоджии и потому монтажники сработали абы-как, типа требования к остеклению лоджии не такие как в жилом помещении. А то, что Вы, похоже, лоджию утеплять собрались и в итоге эти окна будут находиться именно в жилом теплом помещении им невдомек. И Вам надо было сразу подробно оговорить эти требования и спрашивать с них. А сейчас, имхо, это будет немного сложно сделать, т.к. без одобренного и утвержденного проекта утепления суд, к сожалению, может занять не Вашу сторону.
Хотя можно в акте указать на эти недостатки и не платить оставшуюся часть до их устранения, немного поскандалить. Пускай фирма крутится, чтобы получить свои деньги, а не Вы, чтобы после оплаты выпросить у них исправление дефектов.
ЗЫ: С другой стороны, у Вас не предусмотрено места под утепление (нет доборных элементов на толщину утеплителя), поэтому лоджия, видимо останется холодной. Тогда можно только эстетические моменты потребовать исправить (мусор, царапины) и не париться по поводу возможных продуваний.