Здание - это громко сказано
Параметры скважины "внушают". 
такая катанка идет вдоль каждого столба в поселке
Вероятнее, только на некоторых. Но если на всех - просто замечательно.
Приходящий ноль изолирован от всего - просто как второй провод для питания электроприборов.
TT не рекомендуется для применения. Но если Вы твёрдо желаете использовать эту систему, то Вам придётся обеспечить защиту всех линий УЗО на 10-30мА. Вероятно, может оказаться достаточно одного УЗО 30мА на всё сразу.
Если я ввожу в дом (в подвал) заземленную шину и присоединяю к ней все металлические части здания (трубы, арматуру, и т. д.) (кроме крыши) - получается система выравнивания потенциалов?
Да, только не выравнивания, а уравнивания (СУП).
К этой же шине присоединяю тем, или иным путем желто-зеленые провода от водонагревателя, электроплитки, скважного насоса, корпус котла (когда будет) - то получаю защитное заземление?
Нет, к этим потребителям провод PE должен идти в составе провода/кабеля к шине PE в щитке (у Вас ВУ и ГРЩ совмещены).
Собственно, можно и ГЗШ совместить с шиной PE, но провести из подвала в щиток один провод от ГЗШ к PE проще, чем несколько штук. Котёл, вероятно, потребуется связать с ГЗШ напрямую.
Куда мне девать изолированный "ноль" из щитка?Мне кажется, что в Вашем случае вполне можно действовать по правилам и присоединить его к шине PE - а от неё провод к автомату.
Качественное повторное заземление, повторные заземления на столбах...
И куда и в каком месте подсоединить металлическую крышу с металлическим штырем, или тросом вдоль конька (это будет цепь молниезащиты) - к этой же шине снаружи дома, к скважине.
На картинке всё едино от молниеотвода линия на ГЗШ идёт. Мне кажется, что на заземлителе их и соединить. Или на бетонном цоколе.