Я держал инструменты в разных контейнерах. В деревянном ящике инстументы будут греметь, его не так удобно вытаскивать и т.д. Лично я остановился на древнем кожаном портфеле (скорее, большой барсетке), найденом при разборе квартиры после смерти родственника. Не гремит, легко вытаскивать, легко доставать инструменты, при необходимости ставится вертикально и втыкается в любую щель, явно переживёт машину.
Если настаиваешь на деревянном ящике, то плюнь на покрытие. Это же не хохломская шкатулка. Дешевле сделать новый. В любом случае несколько сезонов он проживёт.