насос работает с однопроизводительностью например 100л/час, то есть 1,7л в сек.
Сикоку-сикоку? 
Обычные цифры - 500 л/ч == 8.3 л/мин == 0.14 л/сек. Ведро воды прогоняется по кругу за минуту-полторы. Теплоотдача ПСа не зависит ни от включенности котла, ни от скорости воды - только от её температуры и его номинальной мощности. При 100-ваттном ПСе (мощность в режиме 90/70, т.е. 90 градусов на его входе, 70 на выходе) в таком ПСе охлаждается 4 литра за час на 20 градусов (паспортные данные: 90 на входе, 70 на выходе, 4 л/ч номинальное потребление). 10 литров остынет на 10 градусов (обычный гистерезис термостата котла) за чуть больше часа. Далее, теплоотдача самих труб - ну, ещё аж до сотни ватт. А теперь самое интересное - теплоотдача котла (при выключенной горелке и включенном насосе) в дымоход и в кухню сквозь корпус - с полкиловатта-киловатт непрерывно (3-5 литров воды в котле остывают с 80 град до комнатной за меньше получаса). Итого, 10 литров воды остынут до срабатывания термостата за жалких 10-15 минут.
Иными словами, котёл, замкнутый на ПС, будет без толку включаться каждых 10 минут на минуту - и это при выключенных (закрытых термоклапанами) основных потребителях - комнатных батареях. И так все час-два, пока комнате подогрев не нужен. Потом полчаса-час работы на прогрев комнат - и опять бесполезное расходование газа на обогрев дымохода и немножко кухни+ванной.
Комнатный термостат, с другой стороны, полностью вырубает котёл (включая насос - тот выключается с минутнй задержкой) на те самые час-два, пока комнатам не нужно дополнительное тепло. Таким образом, экономится и газ, и ресурс самого котла с насосом.
Учитывая погрешность измерения котла, обратка будет равна подаче.
Э, несколько не так.
Котел выключиться например при 45гр., а включиться при 40гр. не раньше!!! Так настроена и должна работать автоматика.
А полотенцесушитель нагреется до своих 45гр. и отдавать будет по 0,2-0,5гр
Не-а. Совсем не так. Вот смотрите, по-вашему получается вот что. 50 на подаче - 49 на обратке, горелка выключается; дальше подача 45 - обратка 44; П40 - О39; П30 - О29.5; П25 - О24.5... тем временем ванная остывает, и наконец в ванной -5, на подаче 1 градус, на обратке ноль - порога всё нет и нет, котёл всё не включается. 
На самом деле всё не так страшно. При включенной горелке температура воды в подаче всегда выше, чем в обратке - в этом, собственно, работа котла, греть воду. Даже если теплоноситель не пускать в ПС, а гонять по перемычке с подачи в обратку - всё равно температура в подаче не может быть равна таковой в обратке. С другой стороны, при выключенной горелке подача чуть холоднее обратки - на теплопотери из котла в кухню и дымоход.
Возможно, вы имели ввиду "температура в обратке будет равна температуре в подаче минуту назад"? Но я (инженер и радиолюбитель) примерно представляю себе трудности разработки, изготовления и настройки (на конкретный контур отопления) дифференциального термодатчика с задержкой - и сомневаюсь, что в стОящем, в принципе, разумные деньги навесном котле кто-то будет ставить такой термодатчик. Скорее всего, в вашем отопительном приборе используются более другие принципы определения момента запуска горелки - например, термостат на входе обратки (как и в моём настеннике). И других источников запроса на запуск у него нет (кроме датчика расхода ГВСа, но его можно не рассматривать). А комнатные термостаты, термостат перегрева калорифера, датчики недостаточного давления и недостаточной циркуляции - это как раз источники сигнала на глушение котла.