Подоконник придется клеить на алюминиевый покрашенный в заводских условиях профиль.
А зачем его туда клеить? Под подоконник уголок (возможно на всю длину балкона не широкий уголок или несколько уголков поддерживающих подоконник в нескольких точках), к этому уголку и закрепить (через уголок в подоконник):
Подоконник будет без штапника, в местах, где подоконник подходит к стеклу и стойкам придется делать зазор
Зачем зазор? Если подоконник нужной ширины, то прямо к стеклу и придвинуть и даже ни какой герметик можно не делать (даже возможно лучше не делать), т.к. он там просто не нужен.
Или может и не тянуть подоконник к стеклу (что бы не делать пропилы под вертикальные части профиля), а сделать во всю длину прижатым к профилю (как на фото с уголками), а профиль будет продолжением подоконника. Герметик тут так же не нужен.
А если всё же хочется крепится к профилю, то почему бы его просто не просверлить насквозь и не закрепить саморезами.