Вы краску с водой разбавляли (если нет, надо было разбавить)? Шагрень краски можно попробовать убрать либо сеткой либо наждачной бумагой. У меня тоже бывает проблема с большими шагренями , мне помогает эксцентриковая шлифовальная машинка, иногда насадка для дрели круглая с липучкой для наждачных кругов (от 120 до 240 - зависит от краски, нумерацию нужно подбирать по краске), возможно и другие виды шлифовальных машинок тоже помогут в этом. После зачистки от шагреней нужно хорошо удалить пыль, мне в этом помогает тряпки и насадки из микрофибры. Перед покраской поверхность не должна быть пыльной. Если поверхность позволяет провести мокрую уборку, то лучше ее сделать, если нет и не удается полностью очистить от пыли, то лучше загрунтовать грунтовкой (к примеру Dulux Bindo Base 1:1 c водой).
Сейчас есть укрывающие грунтовки, они наносятся непосредственно перед самой краской. Некоторые мастера вместо нее краску разбавляют с грунтовкой 1:1 для первого слоя.
Некоторые красят двумя валиками, одним наносят краску, другим раскатывают для получения более ровного слоя. Если у Вас получились шагрени, то краску по любому лучше с водой разбавить до максимально возможного, я иногда к допустимому еще могу прибавить 5% воды.
Если красили велюровым валиком, шагрени не должны быть большие, обязательно нужно хорошо раскатывать краску. Главное не расстраивайтесь, всякое бывает. Желаю удачи!!! 
Можно попробовать еще вариант с резиновым шпателем, насадкой водосгон для окон (силиконовая) и т.п, либо с помощью них наносить краску либо сначало кистью или валиком, потом с помощью насадки или шпателя пройтись на сдир.