Боковые зазоры оставлял 1-2 см., сверху 3 см., коробки обернул по периметру рубероидом, снизу в 2 слоя, на коробках с наружной стороны снизу -четверть в нее сливная доска/жестяной карниз (если нет сделайте сами). Величина верхнего зазора зависит от предпологаемой усадки сруба, усадка в свою очередь от качества материала, качества изготовления, времени просушки и выстаивания сруба, в моем случае 3 см. за глаза, только с целью компесации температурно-влажностных изменений размеров, т.к. это уже давно стоящий дом, оконные блоки менялись на большие. Теоретически при наихудшем раскладе по всем параметрам, можно и 20-30 см. усадку получить. Оконный блок устанавливается, подклинивается, навешиваются створки, выравнивается, бока и низ запенивается. Верх, я большую часть заложил мхом, не туго, запенив лишь края, посчитав что мох обладает большей эластичностью. Засверлив боковые бруски коробки, через них, вбил в торцы бревен сруба гвозди на 150, шляпки зашпаклевал.
Если предполается усадка, верх лучше заложить мхом почти свободно не утрабовывая без пены и воздержаться от гвоздей, все это можно сделать впоследствии. Все это ИМХО, хоть и основанное на определенном опыте, и для стандартных блоков. По классической технологии, блок устанавливается в гребень/паз (низ и бока) с бревнами стены сруба при сборке.