Если линолеум не прописан в оном документе, меняйте смело.
В Москве существует постановление, согласно которому замена конструкций полов должна согласовываться по проекту. Конструкция включает в себя плиту перекрытия, стяжку, звуко или гидроизоляцию. Замена напольного покрытия в согласовании не нуждается. Хотя при замене нужно предусмотреть мероприятия по звукоизоляции.