Никогда не решал подобной задачи, но это не мешает давать советы 
Полагаю, что можно попробовать сверлить через кондуктор.
Остается дела за малым - найти или изготовить кондуктор
Учитывая, что сверлильной стойки нет, то к изготовлению кондуктора надо подойти творчески
Про "найти кондуктор" - это зависит от наличия всякого хлама в вашем доме, гараже, даче...
Про "изготовить" - видится так (если что - сорри, просто фантазирую сходу):
- берем два одинаковых квадратных куска фанеры (выпиливаем из большого куска)
- на пересечении диаганалей каждого куска сверлим в каждом отверстие тем сверлом, которым в последствии будете сверлить
- берем четыре бруска одинаковой длины по длине, скажем, половина длины сверла (полагаю, что пойдут доски от тарных деревянных ящиков, если такие еще встречаются в природе)
- пришиваем фанеру гвоздями к брускам так, чтобы образовался куб.
Понятно, что углы фанер надо выровнять по граням брусков.
Получается кубик с двумя отверстиями в донышках.
Линия через оси отверстий строго перпендикулярна плоскости фанерки.
Аккуратность в процессе изготовления даст желаемый результат.
Если сверлить предстоит много, к фанеркам можно пришить нечто усиливающее прочность отверстий - скажем кусок оцинкованного железа, просверлив его совместно с отверстием в фанере.
Сори, если такая самопальная конструкция противоречит каким-то внутренним принципам