Само собой что вариант B выдержит большую нагрузку. В этом варианте (для экономии) можно сделать только одну промежуточную опору по всей длине. Сверлиться простой дрелью, сверлом под конфирмат, лучше с использованием шаблона, например или подобное или самодельное (я делал сам). Следует учесть, что крепление под конфирмат выдерживает меньшую нагрузку, чем стандартное мебельное крепление уголком под полку. Вашу нагрузку нам не оценить, может стоить скомбинировать, часть полок сделать одним способом, часть другим. Может стоит и совместить конструкции А и В, например полки с меньшей нагрузкой сделать по А, с большей по В.
