Условие о разгонном (вертикальном) участке присоединительной трубы к дымоходу необходимо соблюсти. В противном случае выход из котла продуктов сгорания газа немного замедлится, что может привести к нарушению процесса горения и, как следствие, на горелке и радиаторе возможно образование сажи (горение - химическая реакция, а всякая химреакция идёт лучше, когда продукты реакции быстро отводятся из зоны реакции). Я как-то видел газовую колонку (у неё с котлом одинаковый принцип работы), у которой был выход в дымоход без разгонного участка; так вся горелка бала в саже. Посоветовал владельцу перевесить колонку пониже, чтобы этот участок появился. Потом встретил владельца, он сказал, что всё сделал и колонка перестала коптить.
По поводу размера ниши. Здесь не могу дать однозначного совета. Попрубуйте, будет ли возможность в таких условиях добраться до каждого узла котла с соответствующим инструментом. Даже если котёл будет работать исправно, всё равно нужно будет когда-нибудь забираться внутрь, например, чтобы снять радиатор для промывки от накипи.