В доме менялись венцы, нижние и верхние, есть вероятность осадки, вставлять сейчас пластиковые окна наверно рисковано.
Если замена проводилась без полной разборки сруба и эти венцы не затрагивали оконные проемы, то никакой осадки в пределах этих проемов не будет. Кроме того, сверху окон в деревянных домах всегда оставляют зазор на осадку сруба, который заделывают деформирующимся материалом.
У Вас монтажный шов вокруг окон будет заполнен пеной, которая не окажет фатального давления на окна, даже при некоторой осадке. Если хотите перестраховаться, то крепите окна на анкерные пластины, оставьте верхний зазор по максимуму допуска для монтажных швов и проверьте, чтобы в нем не осталось каких-нибудь колодок, брусков, которыми могли пользоваться установщики для временного закрепления окна в проеме.
А в деревянный дом деревянные окна поставить не рассматривали? Имхо, более логично, чем пластик.
Если сразу средств на все окна нет и дом зимой будет не жилой, то совершенно спокойно можно окна заложить листами пенопласта 50мм толщиной или больше, которые запенить по периметру. Потом вырежете его да и всё. А для прочности снаружи забить досками.