К сожалению, на сайте МЖИ сказано достаточно мутно: алгоритм включает обязательно проект от автора дома или лицензированной проектной организации. Ближе к концу упоминается, что часть работ "можно сделать без проекта и разрешения и оформить потом в уведомительном порядке", но как именно это делать - ни слова.
Согласен, впервые сложно разобраться в вопросе "от и до". Постарайтесь прочитать 508 самостоятельно, это все-таки сразу внесет ясность, плюс иногда сами чиновники не знают свои законы, Вам поможет это разобраться в вопросе самому. Тем более, вопрос стоит о капремонте.
Проектирование и архнадзор требуется для работ, которые затрагивают определенные виды этих работ - проемы в несущих стенах, перенос радиаторов отопления и т.д.
Все работы, которые условно относятся к косметическому ремонту, которые не затрагивают несущие конструкции и инженерные системы МКД, газ - делаются без проекта и договора с СРО организациями.
Если Ваш дом панельный, его спроектировали в одном из мск институтов, поэтому если ремонт затрагивает несущие конструкции, ИС, газ, меняете пол полностью, стяжку, проекты электрики и водопровода - по основным этим работам все должно быть по разработанному проекту.
Для дальнейшего оформления "проектных" работ в МЖИ Вы получаете акты скрытых работ от архнадзора, предъявляете в МЖИ договор и СРО этой организации
В вашем случае может проще будет сразу подать документы на перепланировку и переустройство, разработать проект, подписать договор, получить разрешение в МЖИ сроком на год с пролонгацией и сделать капремонт.
В итоге получите зарегистрированные все работы в квартире